John Robert Walmsley Stott nasceu em 27 de abril de 1921, em Londres, filho do médico Sir Arnold Stott, agnóstico, e de Emily Lily Stott, de origem luterana. Foi um dos pastores anglicanos mais influentes do século vinte, conhecido por décadas como reitor de All Souls, em Langham Place, e como um dos principais formuladores do movimento evangélico mundial.
Converteu-se em 1938, ainda estudante no colégio de Rugby, depois de ouvir uma pregação do evangelista anglicano Eric Nash. Mais tarde descreveu aquele passo simples de fé como o que mudou toda a direção e a qualidade de sua vida. Estudou francês e teologia no Trinity College, em Cambridge, e se formou depois em Ridley Hall, colégio teológico ligado à mesma universidade.
Foi ordenado diácono em 1945 e presbítero em 1946. Serviu como coadjutor de All Souls, Langham Place, entre 1945 e 1950, e assumiu como reitor da igreja em 1950, cargo que ocupou até 1975, permanecendo depois como reitor emérito. Nunca se casou: dedicou a vida ao ministério e à escrita em regime de celibato voluntário.
Como pregador e escritor, Stott ajudou a moldar o evangelicalismo do pós-guerra dentro da Comunhão Anglicana. Em 1966, discordou publicamente do pregador galês Martyn Lloyd-Jones, que defendia a saída dos evangélicos das denominações históricas consideradas doutrinariamente mistas. Stott argumentou pela permanência dentro da igreja estabelecida, posição que prevaleceu entre boa parte do evangelicalismo britânico.
Sua visão de missão também mudou ao longo da vida. No Congresso Mundial de Evangelização de Berlim, em 1966, defendia que a missão da igreja era essencialmente a pregação, sem incluir de forma central a ação social. Em 1974, já no Congresso de Lausanne, mudou de posição: como principal redator do Pacto de Lausanne, ajudou a inserir no documento a afirmação de que evangelização e envolvimento sociopolítico são, ambos, parte do dever cristão, influenciado sobretudo por líderes latino-americanos como René Padilla e Samuel Escobar.
Em 1969 criou o Langham Trust, destinando os direitos autorais de seus livros a bolsas de doutorado para pastores de países majoritariamente não ocidentais. Em 1971 fundou também o Evangelical Literature Trust, para financiar livros teológicos em bibliotecas e seminários fora do mundo ocidental. As duas entidades se fundiram em 2001 na Langham Partnership, hoje presente em dezenas de países.
Escreveu mais de setenta livros ao longo da vida. Basic Christianity, de 1958, vendeu milhões de exemplares e foi traduzido para dezenas de idiomas. The Cross of Christ, de 1986, considerado sua obra mais importante, tornou-se referência evangélica sobre a doutrina da expiação. Seu último livro, The Radical Disciple, saiu em 2010, um ano antes de sua morte.
Stott também assumiu posições que geraram controvérsia dentro do próprio campo evangélico. Em 1988, no livro Essentials, escrito em diálogo com o teólogo liberal David Edwards, admitiu considerar tentativamente o aniquilacionismo, a ideia de que os ímpios seriam destruídos e não sofreriam tormento consciente eterno, como possibilidade bíblica legítima, sem afirmar tê-la como certeza. A posição dividiu líderes evangélicos e chegou a ser votada, sem sucesso, como motivo para excluí-lo de um encontro evangélico norte-americano. Stott também defendeu publicamente uma leitura contrária ao sionismo cristão, afirmando que a igreja, e não o povo judeu enquanto tal, seria hoje o verdadeiro Israel, posição igualmente debatida e criticada por outros evangélicos.
Foi capelão da rainha Elizabeth II entre 1959 e 1991 e recebeu o título de Comandante da Ordem do Império Britânico em 2006. Em 2005, a revista Time o incluiu na lista das cem pessoas mais influentes do mundo. Anunciou o afastamento do ministério público em abril de 2007, aos oitenta e seis anos, e passou a viver no College of St Barnabas, em Lingfield, Surrey, residência para clérigos anglicanos aposentados.
Morreu em 27 de julho de 2011, em Lingfield, cercado por familiares e amigos, ouvindo trechos da Bíblia e o Messias de Handel. Deixou como legado a Langham Partnership, que até hoje forma pastores e teólogos e distribui literatura cristã em países de renda mais baixa, e o Pacto de Lausanne, que continua orientando congressos e estratégias de missão evangélica ao redor do mundo.